Medizinische Sekretärinnen und Sekretäre arbeiten im Sekretariat. Je nach Ausbildung unterscheidet sich ihr Einsatzgebiet. Sie sind zum Beispiel in privaten Arzt- oder Zahnarztpraxen, in Spitälern, Heimen, öffentlichen Verwaltungen, Versicherungen oder in der Pharmaindustrie tätig.

Bei ihrer täglichen Arbeit beschäftigen sich medizinische Sekretärinnen und Sekretäre mit medizinischen und kaufmännischen Fragen. Die medizinische Terminologie ist ihnen vertraut und sie verfügen je nach Arbeitsort über spezifische Kenntnisse in Anatomie, Physiologie, in Pharmakologie (Medikamentenlehre) und Pathologie (Krankheitslehre). Sie wissen Bescheid über diagnostisch-therapeutische Massnahmen und über die häufigsten Krankheitsbilder. Sie kennen die Handhabung, Wirkung und Gefahren verschiedener Arzneimittel, was ihnen beispielsweise bei der Verwaltung des Material- und Medikamentenlagers zugutekommt.

Medizinische Sekretärinnen und Sekretäre verfassen Berichte, Zeugnisse und Gutachten ab Diktiergerät oder nach den Vorgaben der Ärzteschaft. Sie erstellen Briefe, füllen Formulare aus und fertigen Tabellen und Grafiken an. Medizinische Sekretärinnen und Sekretäre arbeiten vorwiegend am Computer und wenden die für die entsprechende Branche üblichen Informatiksysteme an. Zudem führen sie interne Karteien, archivieren Daten und planen Sprechstunden. Sie empfangen die Patienten, nehmen deren Personalien auf und verwalten die Krankengeschichten.

Medizinische Sekretärinnen und Sekretäre kümmern sich auch um das Rechnungswesen. Sie verwalten das gesamte Honorarwesen, führen Buchhaltungsvorgänge aus, erstellen Abrechnungen, schreiben Mahnungen und leiten allenfalls Betreibungen ein. Für Sozialversicherungen und Krankenkassen füllen sie nach Anweisungen Formulare aus. Dabei berücksichtigen sie die ortsüblichen Arzt-, Zahnarzt-, Spital- oder Heimtarife und lesen Rechtsgrundlagen sowie Kodierungen richtig.